用分子生物学技术研究复杂的基因组,首先要求制备纯净的高分子质量DNA,一般分为两个步骤,先裂解细胞、溶解DNA,接着采用酶学或化学方法去除蛋白、RNA以及其他大分子。Leagene哺乳动物基因组DNA抽提试剂盒(Mammalian genomic DNA extraction kit)采用经典的蛋白酶K处理法,可以抽提到100~150kb以上的基因组DNA,提取的基因组DNA可用于Southern杂交、基因组DNA的PCR扩增及基因组DNA文库的构建等。该试剂盒的提取效率大致为,从1g组织可以提取到约150~200μg 100kb以上的基因组DNA,从106~107Hela细胞可以提取到约5~50μg 100kb以上的基因组DNA。该试剂盒仅用于科研领域,不适用于临床诊断或其他用途。
自备材料:
1、 组织或培养细胞
2、 PBS
3、 无水乙醇、70%乙醇
4、 25:24:1酚/氯仿/异戊醇
操作步骤(仅供参考):
1、 准备样品:
① 组织样本:切下组织并立即剪成小块,置于液氮中冻结。将100mg~1g冻结的组织用预冷的研钵和研杵研碎或用锤子将其捣成碎末。培养细胞:收集贴壁生长或悬浮生长细胞培养液,贴壁生长细胞需先用胰蛋白酶消化液消化,再用PBS清洗一次。4℃离心机,1000~2000g离心1~2min,弃上清。用1~10ml预冷的PBS再次悬浮离心,如此2洗涤次。
2、 每1ml样品裂解液加入5μl的蛋白酶K溶液,混匀。每50mg组织或5×107细胞用0.5~0.6ml样品裂解液悬浮,悬浮应彻底,不应留下结块。
3、 充分混匀,50℃振荡下温育12~18h或过夜。
4、 加入等体积25:24:1酚/氯仿/异戊醇,轻轻混合,尽可能减少对DNA的剪切。
5、 吸出酚相及中间相(可以吸除少量靠近中间相的水相液体),剩余的水相用等体积酚/氯仿/异戊醇再抽提一次。重复该步骤1次。
6、 吸取上层液(水溶液)250~300μl至新EP管中,加入等体积无水乙醇和1/4体积的乙酸铵溶液,颠倒混匀数次。
7、 4℃ 10000g 1min,弃上清。
8、 加入70%乙醇,4℃ 10000g 1min,弃上清。重复该步骤一次。
9、 尽量吸除残余的乙醇,空气干燥,等到不到明显液体时,立即加入50~100μl Nuclease Free Water溶解DNA,4℃或-20℃保存。注意:不可过分干燥基因组DNA沉淀,否则会极难溶解。如果发现DNA沉淀难以溶解,可以在4℃用摇床缓慢摇动过夜,以溶解DNA沉淀。
10、 A260/A280处检测DNA纯度,高纯度的DNA一般A260/A280>1.8。
注意事项:
如果打算提取大片段的基因组DNA,应尽量避免基因组DNA的物理性剪切。例如避免剧烈振荡含有基因组DNA的样品,可以用剪掉枪头尖的枪头吸取基因组DNA的样品。
准备细胞样品时,如果细胞量过少(<3×107),应0.3ml含蛋白酶K的样品裂解液。
为避免高分子质量DNA被剪切,可以不采用乙醇沉淀DNA,可用透析袋替代乙醇:在100倍体积的TE buffer中至少透析2次,所用取全部时间应>24h。
不可过分干燥基因组DNA沉淀,否则会极难溶解。
为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。
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